다음은 Windows 2003 에서 간단하게 세팅 가능한 IIS metabase 자동백업설정 입니다.
물론 원하는 내용으로 복원도 가능 합니다.

1) 시작 - 실행 - cmd
2) 우선 systemroot 디렉토리로 이동합니다.
cd c:\WINDOWS\system32 <== 폴더이동

3) backupname 이라는 이름으로 IIS 설정을 백업 합니다.
c:\WINDOWS\system32>iisback /backup /b backupname <== 백업
서버에 연결...완료.
Backup saintbackuptest version NEXT_VERSION has been CREATED.

4) 정상적으로 백업이 되었는지 확인 합니다.
C:\WINDOWS\system32>iisback /list
서버에 연결...완료.
Backup Name Version # Date/Time
================
IISbackuptest 0 2009-01-07 오후 5:01:01
IISbackuptest 1 2009-01-07 오후 5:02:00
초기 백업 - IIS 설치 프로그램에서 자동으로 만듦 1 2007-01-08
오후 3:03:51

위 백업리스트에서 Version 부분이 나중에 복원할때 쓰이는 내용입니다.
0 번 버전으로 복원 또는 1번 버전으로 복원..

위와같은 내용을 자동으로 실행하도록 batch 파일을 생성 합니다.
메모장을 열어서 다음 내용을 기록 한 후 iisbackup.bat 라는 확장자 명으로 저장 합니다.

cd c:\WINDOWS\system32
c:\WINDOWS\system32>iisback /backup /b backupname
C:\WINDOWS\system32>iisback /list

5) 문제 발생시 백업본으로 복원을 할 경우 다음 명령어를 실행 합니다.

c:\WINDOWS\system32>iisback /restore /b backupname <== 복구

=> /v 3 라는 부분은 Version 정보중에 3번 버전으로 복원 한다는 내용입니다.
/v 옵션을 제거할 경우 기본값으로 가장 높은 버전으로 복원 합니다.